Akademia Muzyczna im. Feliksa Nowowiejskiego w Bydgoszczy rozpoczęła działalność 1 października 1974 roku jako Filia Państwowej Wyższej Szkoły Muzycznej w Łodzi, lecz tradycje szkolnictwa muzycznego stopnia wyższego w regionie kujawsko-pomorskim sięgają czasów przedwojennych, kiedy to w roku 1927 utworzone zostało w Bydgoszczy przez wybitnego skrzypka Zdzisława Jahnke Miejskie Konserwatorium Muzyczne o charakterze akademickim.  Kierowanie Filią bydgoską rektor PWSM w Łodzi prof. Zenon Płoszaj powierzył doc. Mirosławowi Pietkiewiczowi - prodziekanowi Wydziału Instrumentalnego, od października 1977 - prorektorowi do spraw Filii w Bydgoszczy. Struktura bydgoskiej szkoły była w tym okresie dwuwydziałowa, tworzyły ją: Wydział Instrumentalny i Wydział Wychowania Muzycznego.

Usamodzielnienie Uczelni nastąpiło 27 listopada 1979 roku. Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej w Bydgoszczy nadano wówczas imię wybitnego polskiego kompozytora i patrioty Feliksa Nowowiejskiego. Pierwszym rektorem został prof. Roman Suchecki, który tę funkcję pełnił do 1987 roku. Kolejnymi rektorami byli: prof. Franciszek Woźniak (1987-1993), prof. dr Antoni Poszowski (1993-1999), prof. Jerzy Kaszuba (1999-2005). Obecnie funkcję tę sprawuje prof. Maria Murawska. Od roku akademickiego 1981/1982 Uczelnia ma pełną czterowydziałową strukturę: Wydział Kompozycji, Teorii Muzyki i Reżyserii Dźwięku, Wydział Instrumentalny, Wydział Wokalno-Aktorski i Wydział Dyrygentury Chóralnej i Edukacji Muzycznej.

Kolejną ważną datą był dzień 1 stycznia 1982 roku, kiedy to Uczelnię przemianowano na Akademię Muzyczną im. Feliksa Nowowiejskiego w Bydgoszczy. Lata następne zapisały się powołaniem Podyplomowego Studium Chórmistrzowskiego (1984), Podyplomowego Studium Emisji Głosu (1989), Studium Pedagogicznego (1994), Podyplomowego Studium Instrumentalistyki (1999), Podyplomowego Studium Wokalistyki (2004), Międzywydziałowego Studium Jazzu i Muzyki Rozrywkowej (2008). Systematycznie powiększana też była baza materialna Uczelni, na którą obecnie składają się budynki dydaktyczne z gmachem głównym przy ul. Słowackiego, kompleksem budynków przy ul. Staszica, budynkiem przy ul. Warmińskiego oraz gmach przy ul. Gdańskiej 20. Mieszczą one  łącznie m.in. 14 sal wykładów zbiorowych, 42 sale do zajęć indywidualnych i ćwiczeń, salę organową, aulę na 100 miejsc oraz salę koncertową na 140 miejsc, w której oddano w 1992 organy; budynek Biblioteki Głównej i dwa domy akademickie z 90 miejscami w pokojach 1-3 osobowych. W roku 1990 ufundowany został Sztandar Uczelni.

Wyrazem rozwoju Uczelni stały się nawiązywane kontakty i współpraca ze wszystkimi uczelniami muzycznymi w kraju, uczelniami muzycznymi w Kijowie, Bańskiej Bystrzycy, Strasbourgu, Hamburgu, Rydze, Kragujewcu, Tuluzie oraz z instytucjami muzycznymi (Mazowieckie Centrum Kultury i Sztuki, Filharmonia Pomorska, Opera "Nova", Towarzystwo Muzyczne im. I.J. Paderewskiego w Bydgoszczy).

Pozycja Uczelni jest budowana wzrastającą liczbą studentów i absolwentów uczelni oraz uzyskiwanymi przez nich nagrodami na konkursach muzycznych. Obecnie w Akademii Muzycznej im. Feliksa Nowowiejskiego w Bydgoszczy kształci się około 450 studentów i słuchaczy (w tym cudzoziemcy) pod kierunkiem blisko 130 pedagogów, którzy pracę dydaktyczną łączą z ożywioną działalnością koncertową, twórczą i naukową.